Margarete Pratschke estudió Historia del Arte, Historia de la época Moderna y Contemporánea y Periodismo y ciencias de la comunicación en Berlín. De 2004 a 2010 fue asistente de investigación en el departamento Das Technische Bild (La Imagen Técnica) del Centro de técnica cultural Hermann von Helmholtz Zentrum für Kulturtechnik de la Universidad de Humboldt de Berlín, así como miembro de redacción en »Bildwelten des Wissens. Kunsthistorisches Jahrbuch für Bildkritik« (Mundos visuales del conocimiento. Anuario de historia del arte sobre crítica visual). De 2008 a 2009 fue, además, trabajadora en la School of Design Thinking del Hasso-Plattner-Institut, en la Universidad de Potsdam. En 2011, finalizó la tesis sobre »Windows als Tableau. Zur Bildgeschichte grafischer Benutzeroberflächen« (Windows como cuadro. De las interfaces gráficas de usuario en la historia de la imagen).
De 2010 a 2017 fue asistente y desde 2016 asistente sénior en la Cátedra de investigación científica de la ETH de Zúrich. De 2010 a 2013 fue trabajadora en el NFS Bildkritik »eikones« (Universidad de Basilea/ETH de Zúrich), en el módulo »Wahrnehmung, implizites Bildwissen und Erkenntnis« (Percepción, conocimientos visuales implícitos y reconocimiento); desde 2015, es miembro asociado del Centro Geschichte des Wissens (Historia del conocimiento) en Zúrich. De octubre de 2013 a enero de 2014, miembro del clúster de excelencia de »Bild Wissen Gestaltung. Ein Interdisziplinäres Labor« (Estructuración del conocimiento. Un laboratorio interdisciplinario) de la Universidad de Humboldt de Berlín. Desde febrero de 2014, lleva a cabo proyectos de investigación sobre »Looking at Pictures. Ways of Understanding Images and Perception in Psychology and Art History«. Desde 2015 es miembro asociado en el Centro Geschichte des Wissens. En 2016 publicó la monografía «Gestaltexperimente unterm Bilderhimmel. Das Psychologische Institut im Berliner Stadtschloss und die Avantgarde» (Experimentos de diseño bajo un cielo de imágenes. La Facultad de psicología en el Palacio Real de Berlín y la vanguardia). En ese mismo año se le otorgó el premio Caroline von Humboldt.