Franziska Wegener studierte im Bachelor Europäische Ethnologie, Deutsche Literatur und Filmwissenschaften in Berlin und Istanbul. Ihren Master der Europäischen Ethnologie schloss sie 2015 an der Humboldt-Universität zu Berlin ab. In ihrer Abschlussarbeit »Kolonialgeschichte hörbar machen« beschäftigte sie sich mit der Geschichtsdarstellung im Deutschen Historischen Museum und dem Medium Audioguide als außerinstitutionelles Interventionsformat.
Am Interdisziplinären Labor ist Franziska Wegener zuständig für die Nachwuchsförderung. Sie betreut die Deutschlandstipendium-Themenklasse und den Aufbau von Schülerkooperationen, koordiniert das Strukturierte Promotionsprogramm und ist Ansprechpartnerin für Weiterbildung.