Johanna Schiffler studierte Kunstgeschichte und Neuere deutsche Literatur an der Universität Hamburg, der EHESS in Paris und an der Humboldt-Universität zu Berlin. In ihrer Magisterarbeit untersuchte sie die Zeichnungen Victor Hugos im Kontext seiner Rezeption der antiken Bildtheorie und Naturphilosophie des Lukrez. In ihrem Dissertationsprojekt zur Landschaftsmalerei um 1900 beschäftigt sie sich mit Raumkonzeptionen in Psychophysiologie und Ästhetik.
Seit 2011 ist sie Mitglied der Kolleg-Forschergruppe »Bildakt und Verkörperung« und von 2014 bis 2016 war sie Stipendiatin des Exzellenzclusters Bild Wissen Gestaltung. Sie arbeitete im Projekt »Bildakt« und ist Mitglied im Forschungsprojekt »Ikonische Formprozesse«, einem missing link zwischen Kultur- und Naturtheorie« (Fritz-Thyssen-Stiftung).