Wie Katalysatoren funktionieren, wussten Wissenschaftler_innen lange Zeit nur ungefähr. Ertl ist es gelungen, den Ablauf katalytischer Reaktionen im Detail zu beschreiben. Dazu setzt er für die Chemie unübliche Methoden ein und bedient sich neuester messtechnischer Verfahren, wie der Rastertunnelmikroskopie oder der Lasertechnologie. Mit seiner Forschung hat er unter anderem zum Verständnis der Funktionsweise von Autoabgaskatalysatoren und Brennstoffzellen grundlegend beigetragen. Auch die Reaktionskette, die die Ozonschicht zerstört, wurde durch seine Arbeiten besser verständlich, da wesentliche Schritte dieser Reaktionen auf den Oberflächen kleiner Eiskristalle stattfinden. Ertl gilt deshalb als Begründer der modernen Oberflächenchemie.
»Chemische Reaktionen an den Oberflächen von Festkörpern sind verantwortlich für die heterogene Katalyse, die die Grundlage der chemischen Industrie, aber auch von Prozessen für den Umweltschutz (Autoabgas-Katalyse) darstellt. Moderne physikalische Methoden erlauben die Aufklärung der zugrunde liegenden Mechanismen bis ins atomare Detail. Unter bestimmten Bedingungen treten dabei Effekte der raumzeitlichen Selbstorganisation mit zweidimensionaler Musterbildung auf, die im Rahmen der nichtlinearen Dynamik beschrieben werden können und in ähnlicher Weise auch in vielen anderen Bereichen beobachtet werden.«
Nach einem Physikstudium an der Universität Stuttgart promovierte Ertl 1962 an der Technischen Universität München ›Über die Kinetik der katalytischen Oxidation von Wasserstoff an Germanium-Einkristallen‹. Die chemischen Prozesse an Oberflächen ließen ihn seitdem nicht mehr los. Mit seiner Habilitation, der ›Untersuchung von Oberflächenstrukturen und -reaktionen mittels Beugung langsamer Elektronen‹, begründete er die Oberflächenchemie in Deutschland. Er arbeitete als Professor und Institutsleiter in Hannover und München und übernahm Gastprofessuren in den USA. Bis zu seiner Emeritierung 2004 leitete er die Abteilung für physikalische Chemie des Fritz-Haber-Instituts in Berlin. Neben seiner wissenschaftlichen Arbeit wirkte Ertl als Berater in vielen Organisationen und Behörden, darunter im Bundesministerium für Wissenschaft und Technologie. Für seine Erforschung chemischer Reaktionen an Oberflächen hat er 2007 die wichtigste wissenschaftliche Auszeichnung, den Nobelpreis, erhalten. Daneben hat er zahlreiche weitere Auszeichnungen und Preise bekommen, darunter das Große Bundesverdienstkreuz, den Wolf-Preis für Chemie und den Karl-Ziegler-Preis der Deutschen Gesellschaft für Chemie.