1941 wurde die Handschrift zum Schutz vor dem Krieg an verschiedene Orte verbracht. Über Tübingen gelangte ein Teil in den 60er Jahren an die Staatsbibliothek in Westberlin. Der andere Teile kehrte in die Staatsbibliothek Unter den Linden zurück. Kurz nach dem Fall der Mauer dirigierte Leonard Bernstein ein Orchester mit Musikern aus den vier ehemaligen Besatzungsmächten und Deutschland im Schauspielhaus auf dem Gendarmenmarkt. Im Finale ließ er den Chor statt „Freude schöner Götterfunke“ „Freiheit schöner Götterfunke“ singen und  ebnete damit den Weg der Sinfonie zu einer Hymne der Wiedervereinigung. Die Bände selber wurden 1997, also nach 56 Jahren, in der Musikabteilung der Staatsbibliothek wieder zusammengeführt, 2001 bekam das Werk den Status des UN-Weltdokumentenerbes. Nun sind sie in der Ausstellung "WeltWissen" im Martin-Gropius-Bau erstmals wieder zu sehen.