Die Formatentwicklung am Tieranatomischen Theater findet im Kontext einer Vielzahl von Institutionen übergreifenden und interdisziplinären Kooperationen statt. Die Projekte werden größtenteils durch den Kurator des Tieranatomischen Theaters und weitere Mitarbeiter des Helmholtz-Zentrums für Kulturtechnik initiiert und durchgeführt, ebenso können Initiativen von anderen Einrichtungen, freien Kuratoren/-innen, Gestalter/-Innen und Künstlern/-innen nach Entscheidung durch den Programmrat gemeinsam weiter entwickelt und umgesetzt werden.
Seit 2013 entstanden unter anderem Ausstellungen und Veranstaltungsreihen in Zusammenarbeit zwischen dem Helmholtz-Zentrum und dem Museum für Naturkunde („HUMANIMAL“, „Mensch Macht Pferd“), den Sammlungen der Humboldt-Universität und dem Berliner Medizinhistorischen Museum der Charité (Prototyp für ein „Sammlungsschaufenster“), der Universität der Künste – Institut für Kunst im Kontext und Museum für Haustierkunde/Zentralmagazin Naturwissenschaftlicher Sammlungen („Unsere Tiere“), dem Künstler Moritz Fehr („Inversion“) und dem Filmemacher Philip Scheffner und der Kulturwissenschaftlerin Britta Lange („The Making of…Ghosts“, Ausstellung nach „The Halfmoon Files“). Zahlreiche Performances, Lesungen, Vorträge und Filmvorführungen wurden mit Ensembles und Autoren/-innen umgesetzt.