Das Tieranatomische Theater wird seit 2012 vom Hermann von Helmholtz-Zentrum (HZK), einem Zentralinstitut der Humboldt-Universität zu Berlin betrieben. Geschäftsführender Direktor ist seit 2012 Prof. Dr. Wolfgang Schäffner. Am HZK werden systematisch die Wechselwirkungen zwischen wissenschaftlichen oder kulturellen Umbrüchen und technischen Neuerungen erforscht. Disziplinäres Wissen über materielle Objekte wird dort mit interdisziplinären Strategien zu historischen, aktuellen und zukünftigen Problemstellungen vernetzt.
Die verschiedenen Abteilungen und Infrastrukturen des HZK bündeln Aktivitäten der Forschung zu materieller Kultur und zu Sammlungen. Dazu gehören der Sammlungsbeauftragte des Präsidiums der Humboldt-Universität zu Berlin (Dr. Jochen Hennig) und die Koordinierungsstelle für wissenschaftliche Universitätssammlungen (Leitung Dr. Cornelia Weber, Geschäftsführerin HZK) und der Kurator des Tieranatomischen Theaters (Felix Sattler).
Das HZK ist strukturell und inhaltlich unmittelbar mit dem Exzellenzcluster „Bild Wissen Gestaltung“ (Sprecher Prof. Dr. Wolfgang Schäffner und Prof. Dr. Horst Bredekamp) an der Humboldt-Universität verbunden. Als Zusammenschluss aus Geistes-, Natur- und Technikwissenschaften, der Medizin und — erstmalig für Grundlagenforschung — auch der Gestaltungsdisziplinen Design und Architektur erforschen mehr als 25 verschiedene Disziplinen im Interdisziplinären Labor grundlegende Gestaltungsprozesse der Wissenschaften.